Вестник МГТУ, 2023, Т. 26, № 3.

Мерзлякова Н. В. и др. Прогнозирование антимикробной активности пищевого пептида. В результате гидролиза было получено 9 пептидов с содержанием (мг/мл гидролизата) и чистотой более 95,4 %: LREGIKNK (1,9), ANRKLRANKSR (3,4), MANRKLRARSR (1,6), MRKAKCCIR (1,7), YKTVTWVCLNDFFPKKDSLDYVLK (1,6), PAFAASSSKA (1,4), IRHGRCVSCSR (2,2), EKLAKNKLARGLKRK (2,1), LRQLSVVVAYKGKDVGLNDCEEADRHKSSHRDEVSSFRRNSYSIYENHGP SAKCAREVGR (0,8). При прогнозировании антимикробной активности пептидов с использованием баз данных Protein NCBI и AVPdb установлено, что пептид ANRKLRANKSR, возможно, обладает антимикробными свойствами. В связи с этим он был использован для дальнейших исследований. Молекулярно-массовое распределение пептида оценивали масс-спектрометрическим методом и идентифицировали методом MALDI-TOF на MALDI-времяпролетном масс-спектрометре Ultraflex (Bruker, Германия). Анализ масс-спектров проводили с помощью программы Mascot, опция Peptide Fingerprint (Matrix Science, США) с использованием базы данных Protein NCBI. Микросеквенирование - с использованием секвенатора MiSeq (Illumina, США) и системы для высокопроизводительного секвенирования PGM Ion Torrent и системы спектрофотометрической оценки качества образца (Life Technologies, США). Моделирование пространственной структуры выделенного пептида осуществляли с помощью программы молекулярного моделирования Schrodinger Maestro (США). Антимикробную активность пептида в концентрации изучали диско-диффузионным методом на грамположительных и грамотрицательных бактериях. В качестве тест-штаммов выбраны Escherichia coli, грамположительная бактерия Bacillus subtilis и гриб C. albicans. Культивирование штаммов бактерий проводили на плотной питательной среде LB (агар - 1,5 %, триптон - 1 %, дрожжевой экстракт - 0,5 %, NaCl - 1 %) и жидкой питательной среде LB (триптон - 1 %, дрожжевой экстракт - 0,5 %, NaCl - 1 %) при температуре 37 °С. Тест-штамм высевали на агаризованную питательную среду газоном. Одновременно на газон помещали пептид в количестве 27 мг, так как указанная концентрация пептидов молозива коров показала высокую эффективность по снижению интернационализации лентивируса в геном клетки и взаимодействия с рецепторами для проникновения в мембрану (Тихонов, 2023). В качестве контроля использовался бумажный диск с питательной средой; в качестве препарата сравнения - диск с антибиотиком (канамицин из стандартного набора). Чашки Петри инкубировали при температуре, соответствующей оптимальной температуре роста каждого тест-штамма микроорганизма, в течение 24,0 ± 0,5 ч. Результаты учитывались по наличию и размеру (в мм) прозрачной зоны отсутствия роста микроорганизмов вокруг диска. Результаты и обсуждение Из пепсинового гидролизата молозива коров выделен пептид, который отсутствует в известных протеомных базах Protein NCBI и AVPdb и его биологическая активность и функции не исследованы. По данным (Moretta et al., 2021) механизмы действия АМП зависят от различных физико-химических свойств: молекулярная масса, заряд, структура, длина аминокислотной последовательности, гидрофобность и аминокислотный состав. На основании анализа масс-спектра пептида (рис. 1) определены состав аминокислотной последовательности и молекулярная масса пептида. На рис. 1 представлен масс-спектр пептида. Рис. 1. Масс-спектр пептида Fig. 1. Mass spectrum o f the peptide 234